De candidato ao rebaixamento a uma destacada campanha no Brasileirão, ficando a um ponto da Libertadores. Assim poderia ser definido a campanha do Vasco na temporada 2006, em que seu conjunto foi a principal arma. Depois de uma fracasso no Carioca, um vice-campeonato na Copa do Brasil, perdendo o título para o Flamengo, seu maior rival, a equipe do técnico Renato Gaúcho ficou a apenas um ponto de conseguiur uma vaga na Libertadores do ano que vem, numa disputa sensacional com o Paraná, que acabou ficando com vaga.
A primeira competição do clube de São Januário em 2006 foi o Campeonato Carioca. Comandado pelo atacante Romário, que no Brasileirão do ano anterior havia sido o artilheiro da competição com 22 gols, a equipe não conseguiu se encontrar. Após duas vitórias contra Madureira e Volta Redonda, a equipe de São Januário perdeu para o Botafogo por 5 a 3, em partida em que o Baixinho marcou três gols.
Após a derrota no clássico, a equipe não se encontrou mais no Carioca e na partida seguinte, contra o América, perdeu por 2 a 1. Na última rodada, com chances remotas, a equipe decepcionou mais uma vez ao empatar em 1 a 1 com o Friburguense. Com os péssimos resultados, a equipe não se classificou para as finais da Taça Guanabara.
Com isso todas as fichas foram apostadas na Taça Rio, mas na estréia, um novo tropeço, ao empatar em 2 a 2 com a Portuguesa. Na partida seguinte bateu o Nova Iguaçu por 4 a 2, mas pontos perdidos contra Fluminense e Americano, ambos em empates por 2 a 2, e uma derrota para a Cabofriense por 2 a 0, eliminaram a equipe de São Januário, que ainda venceu o Flamengo por 2 a 1, mas que de nada adiantou.
Na Copa do Brasil, a equipe desacreditada e com jogadores de ainda pouca expressão no cenário brasileiro, foi aos poucos mostrando o seu valor. Méritos do técnico Renato Gaúcho que conseguiu dar um padrão de jogo a equipe, que nos contra-ataques, tinha a sua melhor arma.
O Vasco chegou à final da competição de forma invicta, após vencer seis partidas e empatar quatro. Destaque para as semifinais em que a equipe de São Januário bateu o Fluminense. Na primeira partida ganhou por 1 a 0, gol de Edílson. Na partida decisiva, um empate em 1 a 1, com Valdiram marcando para o Vasco (ele que seria o artilheiro da competição com sete gols) e com Petkovic anotando para o Flu.
Na final, o Vasco encarou seu maior rival, o Flamengo, mas acabou sendo derrotado nas duas partidas: 2 a 0 e 1 a 0, respectivamente. Na época o Renato Gaúcho avisou:
- Meu time será um dos destques do Brasileirão. Perdemos hoje a vaga para a Libertadores, mas no Brasileirão chegaremos lá - revelou na época, mostrando total confiança na sua equipe.
No Brasileiro, o torcedor vascaíno voltou a lotar São Januário como em anos anteriores. Com ótimas partidas fora de casa, atuando sempre nos contra-ataques, o Vasco conquistou grandes vitórias, como por exemplo contra o Santos por 2 a 0, que até então ainda não tinha perdido em casa, e contra o Grêmio por 2 a 1. Foram 15 vitórias, 14 empates e nove derrotas.
Durante o Brasileirão, o Vasco disputou a Sul-Americana, mas foi eliminado em dois jogos contra o Corinthians. No primeiro, em São Januário, a equipe foi derrotada por 1 a 0, gol de Gustavo Nery. Em São Paulo, no jogo de volta, nova derrota, desta vez por 3 a 1.
Com as atenções voltadas novamente para o Brasileirão, o Vasco lutou até a última rodada por uma vaga na Libertatores, mas acabou deixando escapar ao empatar com o Figueirense, na última rodada, por 0 a 0. Com isso, o Paraná, que também havia empatado com o campeão São Paulo por 1 a 1, ficou com a última vaga, terminando na quinta colocação, com 60 pontos.
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